基于HMLP參數(shù)的二肽logP值支持向量機預測模型

肽的親(疏)水性在生物活性肽的合理設計和藥物發(fā)現(xiàn)中是非常重要的參數(shù).基于表征氨基酸性質的HMLP參數(shù),分別用直接替代法和加和替代法表征肽段的結構信息,采用留一法交叉檢驗,利用支持向量回歸(SVR)構建了36個二肽辛醇-水分配系數(shù)(logP)的預測模型(ε=0.001,σ=7.5,C=200和ε=0.001,σ=10,C=200),結果表明加和替代法要好于直接替代法,且其留一法交叉檢驗的復相關系為0.8768,其預測結果與實驗值一致.但二者都說明了logP主要與肽的分子表面積和親水指標有關,同時說明HMLP參數(shù)能夠較好地表征氨基酸或肽鏈的結構信息.

作 者： 印家健 李夢龍 Yin Jiajian Li Menglong   作者單位： 印家健,Yin Jiajian(四川大學化學學院,四川,成都,610064;四川農業(yè)大學生命科學與理學院,四川,雅安,625014)

李夢龍,Li Menglong(四川大學化學學院,四川,成都,610064) 

刊 名： 計算機與應用化學  ISTIC PKU 英文刊名： COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY  年，卷(期)： 2008 25(3)  分類號： O64 R14  關鍵詞： HMLP參數(shù)   肽   logP值   定量結構活性關系   支持向量機  

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