基于近似熵的偽氨基酸組成預(yù)測蛋白質(zhì)亞核定位

了解真核細(xì)胞中細(xì)胞核內(nèi)蛋白質(zhì)的定位情況對于新發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)的功能注釋具有重要意義.隨著蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)序列數(shù)量的急速增加,采用計(jì)算方法來預(yù)測蛋白質(zhì)亞核定位已經(jīng)成為蛋白質(zhì)科學(xué)領(lǐng)域研究的熱點(diǎn).根據(jù)Chou提出的偽氨基酸組成離散模型,提出了一種新的蛋白質(zhì)亞核定位預(yù)測方法.計(jì)算蛋白質(zhì)序列的近似熵作為附加特征構(gòu)建偽氨基酸組成,表示蛋白質(zhì)序列特征,AdaBoost分類算法作為預(yù)測工具.與已報(bào)道的亞核定位預(yù)測方法的性能相比,這種方法具有更高的準(zhǔn)確率.

作 者： 張同亮 丁永生 顧全 孫登寬 ZHANG Tong-liang DING Yong-sheng GU Quan SUN Deng-kuan   作者單位： 張同亮,顧全,孫登寬,ZHANG Tong-liang,GU Quan,SUN Deng-kuan(東華大學(xué)信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,上海,201620)

丁永生,DING Yong-sheng(東華大學(xué)信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,上海,201620;數(shù)字化紡織服裝技術(shù)教育部工程研究中心,上海,201620) 

刊 名： 生物物理學(xué)報(bào)  ISTIC PKU 英文刊名： ACTA BIOPHYSICA SINICA  年，卷(期)： 2008 24(3)  分類號(hào)： O61  關(guān)鍵詞： 蛋白質(zhì)亞核定位   偽氨基酸組成   近似熵   AclaBoost分類器  

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