柔性原子受體模型(FLARM)

柔性原子受體模型(Flexible Atom Receptor Model,FIARM)方法使用了改進(jìn)的遺傳算法(IGA),比傳統(tǒng)的受體模型方法具有更快的計算速度;FLARM受體模型中的原子空間坐標(biāo)在遺傳演化過程中是可變的,避免了不合適的起始位點(diǎn)對模型的影響;另外,FLARM用增加空原子權(quán)重的方法,可以生成不完全封閉的、允許有大段空區(qū)域的受體模型,這樣的模型能更好地模擬實際受體的結(jié)構(gòu),并且容易和藥效團(tuán)模型找到對應(yīng)關(guān)系.我們用FLARM方法分別計算了甾類化合物體系的CBG蛋白親和性和1,1,3-三氧-2H,4H-噻吩并[3,4-e][1,2,4]噻二嗪衍生物(TID)體系的抗HIV-1活性,計算結(jié)果表明FIARM生成的虛擬受體模型對配體分子的活性具有較高的預(yù)測能力,在此虛擬受體模型的基礎(chǔ)上還可以進(jìn)一步分析虛擬受體分子與配體分子的相互作用機(jī)制,對真實受體分子結(jié)構(gòu)的活性位點(diǎn)進(jìn)行初步預(yù)測.

作 者： 裴劍鋒 周家駒   作者單位： 中國科學(xué)院過程工程研究所,北京,100080  刊 名： 化學(xué)學(xué)報  ISTIC SCI PKU 英文刊名： ACTA CHIMICA SINICA  年，卷(期)： 2002 60(6)  分類號： O6  關(guān)鍵詞： 柔性原子受體模型   遺傳算法   甾類化合物   TTD   藥物設(shè)計  

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