氨基酸廣義疏水標度(GH-scale)用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量預測

將天然氨基酸149個疏水性質經主成分分析得到了一種新氨基酸描述子--氨基酸廣義疏水標度(GH-scale).用GH-scale結合遺傳偏最小二乘(GPLS)算法對152個HLA-A*0201限制性CTL表位進行定量構效關系(QSAR)研究.所建模型擬合及交叉檢驗復相關系數(shù)分別為R2cum=0.813和Q2=0.725.研究表明,疏水作用在CTL表位與HLA-A*0201結合過程中扮演極其重要角色,而錨定殘基是該類作用發(fā)生最顯著的部位.

作 者： 周鵬 李志良 田菲菲 張夢軍   作者單位： 周鵬,李志良(重慶大學化學化工學院,重慶,400044;化學生物傳感與計量學國家重點實驗室,長沙,410082)

田菲菲(重慶大學化學化工學院,重慶,400044)

張夢軍(第三軍醫(yī)大學醫(yī)學檢驗系,重慶,400040) 

刊 名： 科學通報  ISTIC PKU 英文刊名： CHINESE SCIENCE BULLETIN  年，卷(期)： 2006 51(11)  分類號： Q5  關鍵詞： 廣義疏水標度   HLA-A*0201   CTL表位   定量構效關系   遺傳偏最小二乘  

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